"Blind deconvolution" : déconvolution aveugle

[PierreH]

Bonsoir à tous,

La microscopie optique moderne actuelle professionnelle tourne beaucoup autour de la microscopie confocale : on en voit des images sublimes de couleur et de netteté dans les concours Nikon.
Couleur car elle utilise l'épifluorescence avec marquage préalable de l'échantillon par de multiples colorants fluorescents spécifiques de certains éléments cellulaires.
Netteté par la propriété "confocale" de ne récupérer que la lumière émise par l'épaisseur de l'échantillon qui est dans le plan de netteté (alors que dans notre cas, celle-ci est mélangée aux informations floues car en dehors du plan de netteté).
Je suis ici bien entendu dans une simplification extrême du principe mais c'est juste pour vous parler d'un procédé utilisé par l'ordinateur obligatoirement attenant à un microscope confocal : la déconvolution aveugle, en anglais blind deconvolution.
Ce procédé mathématique revient à déduire un modèle des aberrations (flou, bruit...) introduites par le système optique et à reconstituer l'image théorique "réel".

Nous nous sommes beaucoup concentrés ces dernières années sur l'acquisition numérique des images, la réduction du bruit, l'amélioration de l'éclairage par LED et la reconstitution de la profondeur de champ ("z-ification") : je pense qu'il y a beaucoup de choses à faire très intéressantes pour nous dans le domaine de la déconvolution aveugle appliquée à la microscopie optique "simple" (ie non confocale, non fluorescente) à partir d'un seul cliché.

Bref, je lance le sujet ici afin que chacun y apporte sa contribution.

[PierreH]

Introduction à la déconvolution aveugle
http://www.quarktet.com/BlindDecon.html

Un rapport de recherche sur le sujet

Déconvolution aveugle.pdf

INRIA Parametric Blind Deconvolution for Confocal Laser
Scanning Microscopy (CLSM)-Proof of Concept

(1.03 Mio) Téléchargé 179 fois

source INRIA http://hal.inria.fr/docs/00/27/02/92/PDF/report.pdf

Un article qui explique que la déconvolution aveugle peut aussi s'appliquer à une unique image de microscope classique, dite "2D", alors qu'une déconvolution aveugle en microscopie confocale est dite "3D" car elle s'applique à une pile de clichés z-ifiée

BiophotonicsClearingUpDeconvolution Reprint.pdf

Clearing Up Deconvolution

(868.29 Kio) Téléchargé 75 fois

[PierreH]

En terme de logiciel, j'ai trouvé le freeware sous Java Unshake
http://www.zen147963.zen.co.uk/Unshake/

Il existe aussi un plug-in pour GIMP, refocus

Unblur
http://www.assassinationscience.com/joh ... la/unblur/

[PierreH]

Bonjour,

un chercheur a mis en ligne les logiciels spécialisés dans le traitement d'image qu'il a créé: ils sont gratuits.
Ces logiciels utilisent des méthodes jamais proposées dans des logiciels non commerciaux.
http://www.bialith.com/index.html
http://www.deconvolve.net/
La plupart des outils (dont la déconvolution aveugle) sont en ligne de commande.

[Bernard]

Bonjour.
J'aurais bien aimé tester ce processus mais je n'ai pas réussi à télécharger le programme faute de moyen accessible à mes connaissances informatiques réduites.
N'y a t il pas un moyen simple de télécharger ce genre de programme (on arrive quand même à un summum de complexité pour quelque chose qui se fait habituellement automatiquement) sans passer par ce fameux java dont j'ignore la fonction.
Amitiés. Bernard.

[PierreH]

Dans ce cas, laisse tomber l'essai de ces logiciels : il faut être rompu à l'informatique pour les utiliser.
Ne prends pas cela comme une critique personnelle, je ne me permettrai pas : même moi (l'informatique est pourtant une part importante de mon métier) je ne l'ai pas essayé, rebuté par la complexité et le temps nécessaire pour arriver à le tester.
Cette personne est brillante mais l'ergonomie est une notion qui lui est absolument étrangère.

[Bernard]

Dommage.
Merci tout de même pour l'info.
Amitiés. Bernard.

[PierreH]

D'autres liens vers des logiciels
http://pichotjm.free.fr/Photos/Traiteme ... econv2.php