Classification

[Chat_Mauve]

Bonjour,

À propos du sujet de Gérald :
L'INPN semble aussi avoir de gros problèmes avec sa base taxonomique : si, sur la page indiquée par Gérald, on clique sur "voir le taxon dans l'arbre taxonomique", on arrive à un curieux résultat où sous la classe Equisetopsida se trouvent tous les ordres des Spermatophytes, en plus de ceux des Ptéridophytes.
Exception française ?

Utilisateur nomade (via mobile device)

[noelouigre1]

Bonjour,

d'une manière générale, alors que l'INPN devrait pouvoir nous servir de référentiel, il existe effectivement pas mal de coquilles, voire des erreurs manifestes.
Cela peut être lié à la conception de la base, parfois à des "choix" nationaux, mais également à ceux réalisés au niveau européen. Il ne faut pas oublier en effet que la base de l'INPN est pour plusieurs groupes liée à d'autres bases (par exemple directement tirée de fauna europaea pour la faune).
Pour la flore, je ne sais ce qu'il en est. Sur le site Flora europaea, l'espèce mentionnée est dans la classe des Filicopida. En revanche sur Zipcodezoo (que j'aime bien car on peut remonter aux informations originales à partir des publications mentionnées), dans la classe des Polypodiopsida http://zipcodezoo.com/Plants/C/Cheilanthes_maderensis/

Quoiqu'il en soit, pour bien comprendre le fonctionnement de la base INPN, je conseille de parcourir le référentiel TAXREF dont la dernière version est parue l'été dernier.
http://inpn.mnhn.fr/downloads/taxref-do ... EFv5.0.pdf

Il y a eu pas mal de changements réalisés ces dernières années et il ne faut pas oublier que le site de l'INPN est assez récent (comparé à certains pays) et donc amené à évoluer.
Moi qui suis régulièrement amené à saisir sur CARDOBS, je "peste" régulièrement contre ces problèmes taxonomiques, voire envers les fautes de saisie des noms latin (enfin, s'il n'y avait que ça : les espèces récemment décrites ces dernières années ne figurent bien souvent pas dans la base...)

Franck

[Florent-B]

Pour répondre à la question de Chat Mauve : l'utilisation d'une grande classe "Equisetopsida" rassemblant les phanérogames en plus des ptéridophytes n'est pas une exception française mais le résultat de la classification APG III, ou plus précisément, de la classification des plantes terrestres accompagnant APG III. Il s'agit d'une publication "annexe" ou "compagne" de l'APG III :

CHASE, M.,W. and REVEAL, J., L. (2009) A phylogenetic classification of the land plants to accompany APG III. Botanical Journal of the Linnean Society, 2009, 161, 122–127. (En gros quand on adopte APG III, il est cohérent de reprendre cette proposition de classification)

Dans leur article, Chase et Reveal proposent d'ailleurs d'aller plus loin et d'inclure tous les principaux groupes de plantes terrestres (y compris les bryophytes) dans cette même classe :

If the major clades of green algae are recognized as classes, then all land plants, the embryophytes, should be included in a single class, here recognized as Equisitopsida. Accordingly, the 16 major clades of land plants, including the angiosperms, should all be recognized as subclasses, the angiosperms as Magnoliidae. Major clades within the angiosperms are then
recognized as superorders.

[Chat_Mauve]

Bonsoir,

Je crois que je n'ai pas été très clair dans ma remarque sur la base taxonomique de l'INPN.
Je ne parlais pas du choix de la phylogénie, je ne me le permettrais pas, mais de la base au sens informatique (base de données) du terme.

Cependant, quelques remarques :
- N'utiliser que six niveaux taxonomiques, embranchement, classe, ordre, famille, genre, espèce, rend pour le moins confuse la classification.
- Le taxon de niveau Classe défini par Chase & coll. comme regroupant toutes les plantes terrestres est Equisetipsida
- Le taxon correspondant de l'INPN, Equisetopsida, n'appartient effectivement à aucun de ses 53 Embranchements

Utilisateur nomade (via mobile device)

[Florent-B]

Alors là par contre je ne saurais tenter de trouver une explication sur leurs choix de gestion informatique
Ne travaillant pas au sein de l'INPN ni même au MNHN, je ne peux faire que de suppositions : pas assez d'effectifs ? maîtrise incomplète des outils informatiques ?

Concernant vos remarques, quelques réponses qui me viennent à l'esprit (et plutôt pour répondre quelque chose, mais sans soucis d'explication que je ne saurais fournir).
- n'utiliser que 6 niveaux taxonomique c'est effectivement déroutant, et pire : ce choix ne semble être expliqué nulle part ...
- je dispose d'une copie de l'article de Chase et al. que je cite, ils utilisent bien l'orthographe "Equisetopsida".
- concernant votre dernière remarque, je ne comprends pas bien son tenant et ses aboutissants ... 53 embranchements ? dans quel système de définition ? L'INPN n'en propose que sept dans son arbre taxonomique auxquels viennent s'ajouter six classes s'insérant directement à la racine : on en revient à votre première remarque. C'est particulièrement déroutant !

D'autre part on peut reprocher à l'INPN d'autres choix de présentation pour le moins étranges, par exemple :
- classer les taxons par ordre alphabétique plutôt qu'en suivant une séquence phylogénétique
- ne pas représenter de manière distinctement séparées les grands niveaux d'organisation morphologique chez les végétaux : Thallophytes VS Cormophytes, Bryophytes VS Trachéophytes, Ptéridophytes VS Phanérogames etc. surtout que ces caractéristiques morphologiques, même si elles sont imprécises, permettent d'expliquer de manière assez claire les différents pas évolutifs et donc d'une certaine façon la classification phylogénétique, une telle présentation ne me semblerait pas hors de propos, mais bon ceci dit, l'ordre alphabétique c'est sympa aussi...

Édition : PS: chez moi aussi la classification est périmée : je n'arrive pas à décrocher des cormophytes :p

[Chat_Mauve]

Bonjour Florent,

D'accord avec vos remarques.
Les 53 embranchements : si vous utilisez leur outil de recherche "Par groupe taxonomique", le niveau "Embranchement" renvoie à une page :
http://inpn.mnhn.fr/espece/cd_nom/listeTaxons/PHYLUM/
avec Acanthocephala, Amoebozoa, Annelida, Apicomplexa, Arthropoda, Ascomycota, Bacillariophyta, Basidiomycota, Bigyra, Brachiopoda, Bryozoa, Cephalorhyncha, Cercozoa, Chaetognatha, Chlorophycota, Chlorophyta, Chordata, Cnidaria, Craspedophyta, Cryptophycota, Ctenophora, Cyanophycota, Echinodermata, Echiura, Entoprocta, Euglenophycota, Gastrotricha, Gnathostomulida, Haptophyta, Hemichordata, Heterokontophyta, Lobopodia, Mesozoa, Mollusca, Myxomycota, Myxozoa, Nematoda, Nemertea, Ochrophyta, Phoronida, Platyhelminthes, Porifera, Pyrrophycota, Rhizopoda, Rhodophycota, Rhodophyta, Rotifera, Saccharomycota, Sipuncula, Stramenopila incertae sedis, Tardigrada, Zoomastigota, Zygomycota.

Si vous passez par "Recherche dans l'arbre taxonomique", vous arrivez à 6 règnes :
Animalia, Bacteria, Chromista, Fungi, Plantae, Protozoa
Dont le moins que l'on puisse dire est qu'ils ne sont pas à la pointe des recherches en phylogénie
Cliquez sur "Plantae" et vous arrivez non pas sur une liste d'embranchements, mais sur :
"105037 Réponses correspondant à 25288 taxons terminaux"
C'est très utilisable, surtout d'un smartphone

Utilisateur nomade (via mobile device)

[Florent-B]

Laissons leur (encore) un peu de temps.
On pourrait leur conseiller d'apposer le smiley suivant :