bio hacking, DIYbio...

[rouzejp]

En postant un sujet sur les biochineurs (http://www.lenaturaliste.net/forum/view ... 818#p79818) je me suis aperçu que le mouvement DIYBIO est soit peu connu, soit mal connu (les journalistes aiment trop le sensationnel)

DIYBIO (Do It Yourself Biology) est naturellement d'origine américaine et c'est simplement d'un point de vue littéral faire de la biologie soit-même (hors cadre pro). En fait sur le naturaliste.net nous en faisons
Que font les biohackeurs (qui sont un sous ensemble assez majoritaire du DIYBIO) ?
Ils tripotent le vivant alors naturellement sortent les fantasmes OGMiques, cloniques si ce n'est des usines de guerre bactériologique dans les garages.
Il doit bien y avoir quelques gugusses voulant modifier l'humain ou des structures potentiellement dangereuses mais ceux là existeront même et surtout hors de toute mouvance.
Déjà une petite vidéo : ma paillasse à une conférence TEDx : http://youtu.be/6rXf_abMKik
Passons à des exemples pratiques qui seront plus parlants et en commençant par le domaine qui m’intéresse le plus. Je suis un identificateur, un systématicien nul et lamentable. Je suis passionné par la détermination génétique et l'on nous montre souvent grands labos, amplificateurs, séquenceurs... valant une fortune mais on peut faire "presque" aussi bien pour presque rien comme le DNA barcoding lisez un peu http://www.lapaillasse.org/wiki/index.p ... _Barcoding Pas mal non ?
D'un autre côté une forme d'activisme : http://www.lapaillasse.org/news/1330/ch ... citoyenne/

Un très bon reportage du Monde (je crains hélas qu'il ne soit pas accessible aux non abonnés (je vais essayer de le trouver en libre)) : http://abonnes.lemonde.fr/technologies/ ... 51865.html

A voir aussi et surtout pour nos amis belges : http://www.diybio.be/index.php/fr/projets


Vous pouvez parcourir mes pearltrees sur ces sujets là : http://www.pearltrees.com/#/N-u=1_18874 ... =1_3660600
Vous trouverez les vidéos concernant la Paillasse là : http://www.lapaillasse.org/dans-les-med ... es-medias/

La parole circule après ce bref et parcellaire aperçu

[PierreM]

Bonjour

En postant un sujet sur les biochineurs (http://www.lenaturaliste.net/forum/view ... 818#p79818) je me suis aperçu que le mouvement DIYBIO est soit peu connu, soit mal connu (les journalistes aiment trop le sensationnel)
...
Que font les biohackeurs (qui sont un sous ensemble assez majoritaire du DIYBIO) ?
Ils tripotent le vivant alors naturellement sortent les fantasmes OGMiques, cloniques si ce n'est des usines de guerre bactériologique dans les garages.
...
D'un autre côté une forme d'activisme : http://www.lapaillasse.org/news/1330/ch ... citoyenne/

J'avais déjà donné ce lien, je persiste à y voir un manifeste scientiste en faveur d'un monde dominé par les OGMs (OGMs citoyens bien sur).

Et dans l'article 2 des statuts il y a bien :

Lʼassociation La Paillasse a pour but :
...
Dʼengager des actions susceptibles dʼaccroitre la liberté dʼutiliser, de créer, dʼanalyser, de modifier tout objets ou biens

Moi je comprends "objets biologiques" et je me demande de quels biens il peut s'agir.

Dans ce que j'ai lu il y a souvent mention de "code", code porteur d'information qui bien évidemment interpelle les hackers. C'est la démarche de Monsanto et consorts.

Et sur le blog de Jean Michel Billaut, on peut lire :

Et si les particuliers pouvaient créer chez eux du "bio-pétrole" ? Ou d'autres trucs comme des molécules thérapeuthiques ?.. Ou de la génomique personnelle (avec des services associés au séquencement : un Firefox du génome sur votre iPhone par exemple - mais Thomas nous rappelle qu'il nous est interdit en France de prendre nous-mêmes la décision de faire séquencer notre propre génome - cela relève d'une décision d'un médecin, si, si....). Etc..

Bon, d'accord, c'est un pionnier d'Internet à l'enthousiasme probablement exagéré et il faut lire ces phrases avec un certain recul mais il faut reconnaître que dans sa com' La Paillasse ne rejette pas ce genre de propos.

Amicalement

Pierre M.

[rouzejp]

La charte à laquelle souscrit la paillasse (et d'autres dont moi mais que je considère à minima)
http://www.lapaillasse.org/code-ethique-diybio/

Draft DIYbio Code of Ethics from European Congress

Transparency
Emphasize transparency and the sharing of ideas, knowledge, data and results.

Safety
Adopt safe practices.

Open Access
Promote citizen science and decentralized access to biotechnology.

Education
Help educate the public about biotechnology, its benefits and implications.

Modesty
Know you don’t know everything.

Community
Carefully listen to any concerns and questions and respond honestly.

Peaceful Purposes
Biotechnology must only be used for peaceful purposes.

Respect
Respect humans and all living systems.

Responsibility
Recognize the complexity and dynamics of living systems and our responsibility towards them.

Accountability
Remain accountable for your actions and for upholding this code.

Traduction "à l'arrache" :

Projet de code de déontologie DIYbio établi lors du Congrès européen

transparence
Mettre l'accent sur la transparence et le partage des idées, des connaissances, des données et des résultats.

sécurité
Adopter des pratiques sécuritaires.

open Access
Promouvoir la science des citoyens et l'accès décentralisé à la biotechnologie.

éducation
Aider à éduquer le public au sujet de la biotechnologie, de ses avantages et ses implications.

modestie
Sachez que vous ne savez pas tout.

communauté
Écouter attentivement les préoccupations et les questions et répondre honnêtement.

des fins pacifiques
Biotechnologie doit être utilisé uniquement à des fins pacifiques.

respect
Respecter les humains et tous les systèmes vivants.

responsabilité
Reconnaître la complexité et la dynamique des systèmes vivants et de notre responsabilité envers eux.

responsabilisation
Rester responsable de vos actions et de faire respecter ce code.

Il est sur que c'est un peu trop imprécis à mon avis.
Le débat OGM ou non OGM est bien entendu présent dans la communauté et une part assez importante de celle-ci est plutôt favorable mais avec de grandes restrictions (pas OGM privant de la liberté de reproduire fait par exemple un assez grand consensus).
En ce qui me concerne, je suis pour la biodiversité mais je pense que ces sujets précis doivent être traités dans un autre fil de discussion. Le DIYBIO est comme tout, rien n'est rarement tout noir ou tout blanc.

[Vardar]

Merci pour le lien DIY barcoding: j'ai bien envie de m'y mettre pour identifier les ciliés.
On atteint les limites de l'identification avec l'observation et l'imprégnation argentique.
De plus les protistologues ancienne génération et les nouveaux Biologiste moléculaires n'ont jamais harmonisé les deux méthodes.
Ce sera un projet de longue haleine.
J'ai aussi pour projet d'adapter ces méthodes à la génétique des populations humaines, mon autre passion: identifier votre lignée paternelle et maternelle. J'ai pour ma part fait analyser mon ADN et fait le lien entre ma généalogie classique et l'origine de mon ancêtre paternel pour un résultat assez spectaculaire lié à d'anciennes légendes nordiques. mais ceci est un autre sujet.

Phil

[rouzejp]

Séquencer son propre génome, moi fondamentalement çà ne me choque pas, le séquençage n'est qu'une acquisition d'informations.
Après il faut voir l'usage qui en est fait.
Je vais être très concret, je suis atteints d'une forme rare et peu connue de poly-arthralgie que les médecins assimilent à l'arthrose mais faute de mieux. Parmi les principales conséquences de ce truc il y a surtout de très fortes douleurs affectant progressivement toutes les articulations. Désagréable (euphémisme) et invalidant.
On ne sait s'il y a une composante génétique dans ce truc mais si c'était le cas je crois qu'il serait bon que l'on puisse déterminer si les enfants potentiels risquent d'en être victime et comment l'éviter (pour moi c'est trop tard ).
Certains vont crier à l'eugénisme et oui, c'est un risque ! Et c'est à la société de fixer des barrières !
Après et excuser-moi si vous trouvez cela provocateur, mais on considère comme presque normal que des gens planifies leur progéniture (ou leur absence de) en fonction de leur carrière, ou d'autres intérêts personnels, je ne pense pas que faire le choix ou de ne pas avoir d'enfants souffrant de vos maux ou pouvoir corriger le problème ne me semble pas particulièrement choquant. Je sais qu'il y aura toujours des cons pour déborder et vouloir des gosses sur mesure. Là il faut mener un énorme débat éthique à l'échelle mondiale et fixer les limites de la façon la plus précise possible.

[rouzejp]

Je sais, je suis bavard mais je préfère scinder mes réponses pour faciliter et rendre plus clair le (les) débat(s)
Le diybio participe aussi d'une volonté de popularisation, de connaissance partagée.
AMHA il est préférable que des technologies soient connues du maximum de gens afin de les rendre plus maîtrisables. Cela peut paraître paradoxal je sais. Mais imaginons une société où seules des multinationales comme Monsanto disposent de la technologie requise pour modifier le vivant à son gré. Elles pourront alors inonder le monde de semences captives et non reproductibles et nous mettre pieds et poings liés face à elle. SI suffisamment de monde à la possibilité de rendre réversible leurs manips elles sont coincées dans leur stratégie hégémonique. Bon je sais, pour l'instant c'est de la science-fiction (quoique...)
Je prendrai aussi l'exemple du DNA barcoding pour lequel existe des méthodes légères comme citées dans mon post originel. Ces alternatives à bas coût et de mise en oeuvre assez simple ouvrent des possibilités soit de déterminer des fraudes par tout un chacun (bon moi je ne bouffe pas de lasagnes surgelées ), soit de déterminer des espèces de façon plus fiable que la simple phylogénie et donc de connaître mieux notre biodiversité, soit...

[rouzejp]

Merci pour le lien DIY barcoding: j'ai bien envie de m'y mettre pour identifier les ciliés.
On atteint les limites de l'identification avec l'observation et l'imprégnation argentique.
De plus les protistologues ancienne génération et les nouveaux Biologiste moléculaires n'ont jamais harmonisé les deux méthodes.
Ce sera un projet de longue haleine.
J'ai aussi pour projet d'adapter ces méthodes à la génétique des populations humaines, mon autre passion: identifier votre lignée paternelle et maternelle. J'ai pour ma part fait analyser mon ADN et fait le lien entre ma généalogie classique et l'origine de mon ancêtre paternel pour un résultat assez spectaculaire lié à d'anciennes légendes nordiques. mais ceci est un autre sujet.

Phil

Ce côté me passionne aussi (généalogie), surtout sur le côté groupe de populations, détermination d'implexes cachés dans une ascendance, mouvements de populations... Hélas pour cela je pense qu'il faut passer au séquençage, une électrophorèse manquant de finesse la plupart du temps pour ce genre de chose.

Mais soyons patients, sans doute des puces à adn, des séquenceurs à bas coût verront sans doute le jour, sans compter que la bioinformatique open source est bien présente et même permet déjà des études assez complètes une fois le séquençage réalisé.

[Florent]

Il y a pourtant régulièrement des papiers dans la presse - il y en a même eu dans Nature !

L'état d'esprit est celui du "hacking" : regarder, ouvrir, bricoler, un système pour comprendre comment elle fonctionne et tenter de le détourner, d'en tirer des utilisations non prévues.

"Hacker", le mot est chez nous un peu galvaudé, mais la démarche est très saine. Elle pousse d'ailleurs beaucoup de gens qui avaient consommé le divorce avec la bio depuis le lycée, à s'y intéresser à nouveau. Elle fédère, notamment autour d'un googlegroup très actif, des chercheurs, ingénieurs, étudiants de tous horizons et suscite de nouvelles passerelles entre des disciplines très éloignées.

En l'état actuel des choses, la part de risque me semble tout a fait anecdotique.

[Vardar]

Merci pour le lien DIY barcoding: j'ai bien envie de m'y mettre pour identifier les ciliés.
On atteint les limites de l'identification avec l'observation et l'imprégnation argentique.
De plus les protistologues ancienne génération et les nouveaux Biologiste moléculaires n'ont jamais harmonisé les deux méthodes.
Ce sera un projet de longue haleine.
J'ai aussi pour projet d'adapter ces méthodes à la génétique des populations humaines, mon autre passion: identifier votre lignée paternelle et maternelle. J'ai pour ma part fait analyser mon ADN et fait le lien entre ma généalogie classique et l'origine de mon ancêtre paternel pour un résultat assez spectaculaire lié à d'anciennes légendes nordiques. mais ceci est un autre sujet.

Phil

Ce côté me passionne aussi (généalogie), surtout sur le côté groupe de populations, détermination d'implexes cachés dans une ascendance, mouvements de populations... Hélas pour cela je pense qu'il faut passer au séquençage, une électrophorèse manquant de finesse la plupart du temps pour ce genre de chose.

Mais soyons patients, sans doute des puces à adn, des séquenceurs à bas coût verront sans doute le jour, sans compter que la bioinformatique open source est bien présente et même permet déjà des études assez complètes une fois le séquençage réalisé.

Le séquençage n'est pas nécessaire pour établir son haplotype: l'amplification par PCR des microsatellites suffit amplement
Il suffit de 12 STRs (microsatellites) pour établir un haplotype et trouver son haplogroupe. C'est donc abordable en DIY.
Aucune société ne le propose en France car elle risque de tomber sous le coup de la loi qui interdit les tests de Paternité.
C'est surtout bloqué par le Lobby des médecins qui n'y connaissent rien et ont peur qu'on l'utilise pour un diagnostic médical. il faudrait pour celà faire des analyses de mutations par SNPs et donc des puces et là c'est une autre histoire

Ref
haplotype: http://fr.wikipedia.org/wiki/Haplotype
microsatellites: http://fr.wikipedia.org/wiki/Microsatellite_(biologie)
haplogroupe: http://fr.wikipedia.org/wiki/Haplogroupe

[rouzejp]

Merci, un informaticien fera toujours un mauvais biologiste
J'avais lu tout çà en plus, je viens de me coller une claque
(virtuelle)

Oui, je pense que tu as raison, en plus il est si facile d'envoyer l'échantillon à l'étranger (en Belgique je crois que c'est possible).
En fait tout cela ouvre de grands débats entre la perception des choses par le grand public perception biaisée par les médias et les groupes de pression (dont celui des médecins qui n'ait pas le moindre).
D'un regard scientifique le plus dénué possible d'affect par exemple on ne pas dire par exemple que les OGM soient une mauvaise chose par exemple. Les mutations naturelles ou les sélections de l'homme forment au sens strict des manipulations génétiques (sauf naturellement pour les chimères qui à ma connaissance ne peuvent qu'être "artificielles").
Nous sommes en train de vivre la révolution numérique, la prochaine sera-t'elle celle du vivant, de la biologie ? Il y a de bonnes chances.