Quel microscope à contraste de phase choisir ?

[PierreH]

Bonsoir,

le choix du modèle de microscope (BA 200 ou 300) sera donc fait en fonction du budget : à mon avis, c'est vite vu. Je ne pense pas que le BA-300 avec 4 objectifs plan EF phase rentre dans le budget (mais on peut espérer : je ne connais pas les prix du neuf, je sais juste que ça ne rentre pas dans mon budget).
Il est clair qu'avec un x40 pour le CP, on ne sera pas dans la haute résolution mais tel n'est pas l'objectif.
Le coup de la cellule de Neubauer (ou autre comme la Malassez, ne pas oublier la lamelle plan qui va bien livrée avec) ne me parait pas un problème : si on ne met pas de bulle (ça se verra sinon) et si on ne fait pas flotter la lamelle (volume trop important), oui le volume observé sera bien celui prévu par la cellule.
Par contre, là où je suis un peu circonspect, c'est en cas de bestiole mobile, et certaines bougent vite ! Pas évident pour le décompte...
Pour l'achat, il est clair qu'un revendeur tel que Cofemo, spécialisé, fera mieux en terme de conseil qu'un généraliste tel que Fisher.
ça ne coute rien de lui demander un devis et un délai de disponibilité : lui au moins te fera un devis qui tient debout en terme d'équipement (le coup du micromètre SOUS la lame, ça m'a vraiment scié).

[Cakuêt]

PierreH bonsoir,

"le choix du modèle de microscope (BA 200 ou 300) sera donc fait en fonction du budget : à mon avis, c'est vite vu. Je ne pense pas que le BA-300 avec 4 objectifs plan EF phase rentre dans le budget (mais on peut espérer : je ne connais pas les prix du neuf, je sais juste que ça ne rentre pas dans mon budget).":
Oui, je me suis renseignée et c'est effectivement hors budget.

"Par contre, là où je suis un peu circonspect, c'est en cas de bestiole mobile, et certaines bougent vite ! Pas évident pour le décompte..." :
On compte fixer nos échantillons au lugol donc à priori pas de souci de ce côté là.

"Pour l'achat, il est clair qu'un revendeur tel que Cofemo, spécialisé, fera mieux en terme de conseil qu'un généraliste tel que Fisher.
ça ne coute rien de lui demander un devis et un délai de disponibilité : lui au moins te fera un devis qui tient debout en terme d'équipement (le coup du micromètre SOUS la lame, ça m'a vraiment scié).":
Je ferai ça demain au bureau, merci pour l'info.

Mais du coup, si on connait le volume observé entre la cellule de Neubauer et la lamelle planée optiquement (c'est bien noté, pas de souci), connait-on également le volume présent dans chaque carré de la cellule ? Je ne sais pas si ma question est bien claire, désolée, mais je ne vois pas comment la formuler autrement.

[PierreH]

Mais du coup, si on connait le volume observé entre la cellule de Neubauer et la lamelle planée optiquement (c'est bien noté, pas de souci), connait-on également le volume présent dans chaque carré de la cellule ? Je ne sais pas si ma question est bien claire, désolée, mais je ne vois pas comment la formuler autrement.

Oui car c'en est même le principe.
Voici comment je procédais avec une cellule de Malassez il y a déjà 20 ans :
- mouiller au doigt les deux épaulements latéraux qui supportent la lamelle planée
- poser la lamelle en la faisant glisser sur les épaulements : elle adhère alors fortement aux deux épaulements. C'est impératif
- injecter les quelques gouttes de prélèvement dans le volume libre de la cellule, par capillarité, sans créer de bulles
- compter sous le microscope
- calculer suivant la formule correspondant à la cellule utilisée

Si jamais tu es gênée par le fait que les spécimens sont sur différents plans, tu peux laisser reposer le tout dans une chambre humide (boite de pétri avec un papier humidifié) pendant quelques minutes avant d'observer.

voilou

Étant intéressé par tout ce que l'on trouve dans les eaux, cela m'intéresse de connaitre les références bibliographiques qui vont te permettre la détermination.

PS : si le budget le permet, avoir une deuxième cellule en stock (en cas de chute et casse) et surtout quelques lamelles planées.

référence
http://www.ledamed.org/IMG/html/doc-10891.html

[Cakuêt]

"Oui car c'en est même le principe." :
Gerard78 n'est pas du même avis puisqu' il dit "Merci seulement (car je suis un crétin, c'est connu...) de m'indiquer, pour ma formation personnelle, quel est le volume constant et exact contenu sous la lamelle dans une cellule de Neubauer..."
Une fois remplie, la cellule de numération a donc bel et bien un volume connu dans chacun de ses petits carrés.
Merci PierreH pour ces informations.

"Si jamais tu es gênée par le fait que les spécimens sont sur différents plans, tu peux laisser reposer le tout dans une chambre humide (boite de pétri avec un papier humidifié) pendant quelques minutes avant d'observer." :
Merci pour le conseil

"Étant intéressé par tout ce que l'on trouve dans les eaux, cela m'intéresse de connaitre les références bibliographiques qui vont te permettre la détermination." :
Nous sommes restés dans les ouvrages apparemment classiques pour la détermination du phytoplancton, à savoir les trois tomes de Bourrelly Les algues d'eau douce. Initiation à la détermination, et les tomes 2, 3, 4 et 5 de Compère Flore pratique des algues d'eau douce de belgique

[Daniel]

Bonjour,
Claire, par sa question, je pense que Gérard voulait simplement faire prendre conscience des touts petits volumes en jeu dans ces cellules utilisées en hématologie.
Comme il l'a expliqué, cela enlève toute précision à des extrapolations sur des volumes importants, surtout si en plus l'étude porte sur des eaux oligotrophes et pauvres en plancton.

Au dela de la liste de taxons, la méthode reste valable pour établir les proportions des différentes catégories comme l'a noté Eddy.
Pour une évaluation des biomasses, cela donnera un ordre de grandeur dont il faudra être conscient de la faiblesse pour un mathématicien rigoureux.

Je crois que l'important est d'adapter son travail aux moyens disponibles et d'être conscient de ses limites. Il faut en discuter à la fois avec le maitre de stage dans l'association et un tuteur universitaire qui sera peut être plus exigeant.
Comme enseignant SVT, je pense que je dois parfois présenter des résultats ou des méthodes simplifiées qui pourraient faire réagir les spécialistes...

[Cakuêt]

Bonjour Daniel,

"Claire, par sa question, je pense que Gérard voulait simplement faire prendre conscience des touts petits volumes en jeu dans ces cellules utilisées en hématologie.
Comme il l'a expliqué, cela enlève toute précision à des extrapolations sur des volumes importants, surtout si en plus l'étude porte sur des eaux oligotrophes et pauvres en plancton."
Je vois bien maintenant où voulait en venir Gerard (pas facile de lire entre les lignes des fois).
Et c'est certain que l'extrapolation des résultats donnera des valeurs à analyser avec des pincettes, en toute connaissance de cause. J'en avais conscience depuis le début de mes recherches, mais je sais dorénavant que ce sera un des plus grands points faibles de notre protocole et de notre étude (qui en compte beaucoup en plus !)

"Je crois que l'important est d'adapter son travail aux moyens disponibles et d'être conscient de ses limites. Il faut en discuter à la fois avec le maitre de stage dans l'association et un tuteur universitaire qui sera peut être plus exigeant.
Comme enseignant SVT, je pense que je dois parfois présenter des résultats ou des méthodes simplifiées qui pourraient faire réagir les spécialistes...":
C'est la première année que cette étude du phytoplancton va être menée, et les résultats devront être manipulés et expliqués avec beaucoup de précaution étant donné le protocole, le matériel, etc...
Cette étude ne sera abordée que succintement dans mon rapport de fin d'études, ce n'est qu'un tout petit bout de tout ce que je vais faire pendant mon stage dont les autres études sont beaucoup plus rigoureuses et réellement "scientifique".

[Fredlab]

Bonjour.
C'est bien là le problème... pour des raisons bêtement matérielles, votre étude ne vaudra pas "grand chose" et les remarques de Gérard ou d'Alain (Maraussan) prennent toute leur pertinence - vous allez passer du temps, manger une partie de votre énergie pour quelque chose qui sera plus que critiquable. (donc pour ainsi dire inutilisable)
Vous êtes de bonne volonté et ne demandez qu'à acquérir des compétences. Une telle étude peut risquer de remettre en cause votre probité (le milieu scientifique n'est pas le monde des Bisounours)
Je confirme qu'en tant qu'enseignant de SVT, nous devons nous contenter du qualitatif, mais dans votre cas, ça ne sera pas suffisant... ou alors c'est juste pour une inconographie.
Si votre étude fait partie d'un ensemble d'études alors elles doivent toutes être menées avec la même rigueur.


(bref, la personne qui vous alloue 2000 euros pour votre étude ne se rend pas compte qu'elle met en péril l'ensemble du travail de tous)
(une idée : avoir des accès privilégiés à un vrai labo d'hydrobiologie... qui dispose de tout le matériel nécessaire pour mener à bien cette étude... quitte à ce que la "location du matériel + consommables" coûte 2000 euros ou un peu plus)

[Maraussan]

Bonjour,
j'ai commis l'erreur de penser dès le début qu'il s'agissait d'une analyse strictement qualitative, de niveau modeste.
Le protocole de prélèvement, de fixation/sédimentation et comptage (analyse QUANTITATIVE) est strict, dûement normalisé par la norme NF EN 15.204 (1).
Cette norme reprends la directive européenne, European Water Framework Directive (2)
On utilise exclusivement un microscope inversé, sous contraste de phase ou (bien mieux) sous contraste interférentiel différentiel.
Gerard78 a décrit brièvement (mais exactement) ce protocole.
D'autres protocoles existent, spécifiques au zooplancton, selon les tailles.

(1) AFNOR, 2006. Norme guide pour le dénombrement du phytoplancton par microscopie inversée (méthode Utermöhl) – NF EN 15204. 39 pages.
(2) European Water Framework Directive (2000/60/EC)
The following guidance has been developed with reference to the CEN standard “Water quality - Guidance standard on the enumeration of phytoplankton using inverted microscopy (Utermöhl technique)” (CEN 2004), Test Methods and Procedures: Freshwater Phytoplankton NRA (1995) and “PL100 Quantitative and qualitative phytoplankton analysis” (SYKE) as well as reference texts such as Utermöhl (1958) and Lund , Kipling and LeCren (1958).

[Gerard78]

Bonjour à tous,
Oui Alain, mille fois oui, et le protocole intégral est là:
http://www.dijon.inra.fr/thonon/content ... 27INRA.pdf
Quant aux auteurs de ce document, Rimet & Druart, ce ne sont pas des débutants!
Bonne journée.

[Cakuêt]

Merci Alain, Fredlab et Gerard78 pour vos précisions et explications.

J'avais déjà étudier minutieusement le protocole d'analyse du phytoplancton de l'INRA, et encore une fois, c'est en suivant ce protocole là à la lettre que nous aurions effectué notre étude si le budget le permettait.

Cependant, l'argent ne pousse pas encore sous les fenêtres des locaux de la réserve, donc nous allons faire de notre mieux avec nos 2000€, en analysant et expliquant nos résultats avec beaucoup beaucoup de précaution.

Un grand merci à vous tous qui avez pris le temps de répondre à mes questions, vos explications et informations m'auront permis de mieux cerner et de mieux appréhender l'étude que nous allons réaliser.

Bonne continuation à vous tous Messieurs les Pros du Microscope !

Claire.