Cosmarium perforatum ?

[DaePat]

Bonjour à tous,

Cosmarium trouvé dans le prélèvement de la tourbière de l'Estagnon (Philippe / Buteo); L: 74 µm, W : 53 µm, isthme : 25 µm. Peut-être C. perforatum P. Lundell.
Qu'en pensez-vous ?

[Buteo]

Bonjour Patrick,
je suis loin d'être affirmatif et passe mon temps à douter.
Ceci dit, avec des sinus aussi ouverts, les dimensions étant en accord avec la littérature il y a bien des chances que tu aies visé juste.
Attendons l'avis des experts.
Belle trouvaille en tout cas.

[André]

Bonjour à tous, Patrick, Philippe

Les ondulations de la paroi pourraient faire douter quant à C.perforatum, mais on voit que ces formations traversent la paroi et pourraient donc parfaitement correspondre à des pores.
Aurais-tu des vues de surface ?
C.perforatum présente également des sortes d'extension papilleuse aux extrémités inférieures des demi-cellules à la façon de Cosmarium obsoletum ( voir http://www.lenaturaliste.net/forum/view ... um#p148828 ) qui sont peut -être apparentes sur d'autres clichés ?

[DaePat]

Bonjour à tous,

Cher André, tu me manquais.

Ci-joint une image obtenue plus récemment que la précédente avec des détails qui, malgré un épouventable chromatisme, te seront peut-être utiles. Cet individu est le seul présent sur la lame et est maintenant un peu "fatigué".
Il ne me semble pas montrer les extensions papilleuses dont tu parles.
Merci pour ton intérêt.
P.

[Maraussan]

Ci-joint une image obtenue plus récemment que la précédente avec des détails qui, malgré un épouventable chromatisme, ...

Bonjour à tous,
cette remarque est intéressante et mérite d'être nuancée.

Tout spécimen (tests de silice des diatomées, cellulose des algues...) inclus dans un milieu (air, eau, résines de montage définitif...) présente un différentiel d'indice optique. Le spécimen est visible du fait de ce différentiel, sinon il serait invisible. Hélas, la propriété de ce différentiel est un effet de prisme qui décompose la lumière. Le meilleur des objectifs n'y pourra rien, il traite les données qu'il reçoit. Plus le différentiel d'indice est grand, plus l'effet est marqué.

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Certes, si intrinsèquement l'objectif est lui-même affligé d'aberrations chromatiques, les défaut se cumulent.
Une des solutions employées pour améliorer la définition globale consiste à monter un spécimen après coloration dans sa masse, dans un milieu d'indice optique identique -ou tout du moins proche- à celui du spécimen. La visualisation du spécimen se fait alors par l'absortion de couleurs, et non plus par différentiel d'indice. (**)
Autre solution classique pratiquée depuis depuis les temps les plus reculés, limiter la gamme de couleurs qui illuminent le spécimen, via un filtre. On coupe en général les radiations du rouge au jaune, on garde les verts et bleus.

D'autre-part, lorsque l'on est confronté à ce genre d'artéfact, on peut toujours convertir en gamme de gris le document, et selon le cas, augmenter le contraste et la netteté. Les annotations de mesures sont portées après.

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(**) c'est la pratique mise en oeuvre en histologie, quelle soit animale, humaine, ou végétale, les coupes ultra-minces sont décolorées, puis colorées chimiquement à l'aide de réactifs sélectifs. Il n'y a plus d'artefacts chromatiques (du fait de l'épaisseur des spécimen, et de l'indice du milieu de montage utilisé) par effet de prisme mais seulement absortion lumineuse différentielle. On peut dès lors atteindre les limites de la résolution classique, aux environs de 0.14 micro-mètre. Avec du bon matériel.

[DaePat]

Alain,

Merci pour ta réponse.
Cependant, certaines images publiées sur le site sont nettement plus flateuses que d'autres.
Par exemple, celle du phacus présentée par Yves22, http://www.lenaturaliste.net/forum/view ... 40&t=27735, n'est pas ou très peu entachée de chromatisme. En particulier, le stigma rouge est parfaitement visible et les verts des chloroplastes sont francs.

Suite à nos échanges par MP, je n'ai pas encore décidé de faire ou non l'acquisition des objectifs Olympus UPLFLN 40x et 100x. C'est cher.

Par contre, tu suggères d'employer un milieu de montage approprié. Pour les images ci-dessus du Cosmarium, ce milieu était simplement celui du prélèvement. Quel substance aurais-je du ajouter pour augmenter l'indice de réfraction ? Le glycérol ? Et dans quelle proportion, sachant que je souhaite faire ces observations dans un été proche de l'état natif. Pas seulement pour les desmidées mais aussi plus généralement les algues filamenteuses, les cyanobactéries, ...

[Maraussan]

... certaines images publiées sur le site sont nettement plus flateuses que d'autres.
Par exemple, celle du phacus présentée par Yves22, http://www.lenaturaliste.net/forum/view ... 40&t=27735, n'est pas ou très peu entachée de chromatisme. En particulier, le stigma rouge est parfaitement visible et les verts des chloroplastes sont francs.

Yves, celui des Côtes d'Armor, utilise des objectifs Leica PlanApo infinis, les équivalents chez Olympus sont les UPLSApo. C'est du lourd. Deuxio, je suppose que son spécimen est bien sous la lamelle, à 0.17mm de profondeur. C'est l'optimum. Tertio, c'est du DIC (en français Contraste Interférentiel Différentiel de Nomarski) qui permet d'obtenir une profondeur de champ fantastique et une définition incroyable. En neuf, chez Olympus, une telle solution c'est 20x le budget de ton matériel. Perso je préconise un tel équipement, mais très peu sur ce forum peuvent suivre...

Suite à nos échanges par MP, je n'ai pas encore décidé de faire ou non l'acquisition des objectifs Olympus UPLFLN 40x et 100x. C'est cher.

Oui, et comme tu le sais, ce ne sont pas les plus chers. Un microscope neuf qualité "recherche" est un investissement lourd (mais bien moins lourd que pas mal de camping cars!).

Par contre, tu suggères d'employer un milieu de montage approprié. Pour les images ci-dessus du Cosmarium, ce milieu était simplement celui du prélèvement. Quel substance aurais-je du ajouter pour augmenter l'indice de réfraction ? Le glycérol ? Et dans quelle proportion, sachant que je souhaite faire ces observations dans un été proche de l'état natif. Pas seulement pour les desmidées mais aussi plus généralement les algues filamenteuses, les cyanobactéries, ...

A priori pour ces spécimens, observés vivants, le milieu est celui du prélèvement.
Si l'on désire procéder à une étude plus différentielle, comme par exemple l'étude de la paroi cellulosique d'une algue unicellulaire, on élimine par des réactifs spécifiques les organites internes, et on peut monter la paroi seule dans un milieu provisoire ou définitif. Là c'est du labopro.

[DaePat]

OK.
Merci Alain.

[André]

Re

L'affaire se corse avec cette dernière vue : pores ou granules ?
A scruter l'image , j'ai tendance a y voir des granules .
En vue directe quelle est ta perception ?

[DaePat]

André,

Je vais reprendre des photos en espérant qu'elles t'aideront.

Mais, afin de m'aider dans ma discrimination des détails structuraux des individus du genre Cosmarium en microscopie optique, ou même en SEM, peux-tu me donner le lien vers une publication faisant autorité sur ce sujet ?

Quatre photos; toujours fond clair, 100x. Désaturées.

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